三亚珊瑚礁自然保护区1989年建立，1990年批准为国家级海洋自然保护区。三亚珊瑚礁自然保护区位于三亚市近海，以鹿回头、大东海海域为主，包括亚龙湾、野猪岛海域，以及三亚湾东、西玳瑁洲海域，总面积40平方公里，保护对象为珊瑚礁及其生态系统。

保护区生物资源丰富，是保护海洋生物多样性的重要海区。根据保护的需要而划分为核心区、缓冲区和试验区，对核心区内的珊瑚礁资源采取绝对保护措施。

三亚珊瑚礁国家级自然保护区有造礁珊瑚87种，生长较密集，面积大，分布在2米到50米的水域中。水下大片珊瑚礁斑斓绚丽、色彩纷呈，珊瑚种类、面积均为海南省之冠，是迄今保持近原始状态破坏最小的地区之一。仅在鹿回头发现贝类300多种，海化石300多种，种类之多居全国之冠。